经常有人对虞山之巅的藏海寺内有真武殿,供奉真武大帝像而感到奇怪,认为真武大帝是道教中的一神,莫非佛教寺院侵占了道教庙宇,甚至认为常熟佛道教已合为一了，也有些道教信徒提出要将真武殿归还给道教，这些都是不了解历史所致。
藏海寺系明洪武九年（1317）僧道原所建，原名拂水塔院、拂水东庵（俗称祖师庙）。
真武庙，他的建立是邑人严文靖公入相时，嘉靖帝御赐真武像一桢。因不敢供于私宅内，故建院拂水岩上，敕今名。里人袁奎集缘塑像增建殿宇。文靖公又捐俸扩建，并于院外及半山山麓盖造各庙凡六处。庙貌重新，灵异卓著，是院遂为万人朝供之所。当时此庙为严氏家庙，向无僧道住持，只家奴看管。在近百年中严氏族中败类利用真武庙，呼朋引伴，藉端滋事，更有三月三真武诞俗例，有宿山结缘之说，男女混杂，夜以继昼，百弊丛生，本属造福之地，反为造孽之地。乾隆二十一年（1776）文靖公五世孙严有禧目睹此等现象，甚为痛心。而仅一墙之隔的藏海寺为清顺治国师通秀玉林道场，其徒德严、洪济相继法席，院务日振，遂上书抚院，请求将真武庙由藏海寺就近收管。抚部批复：庙归僧管，于事允当。其宿山结缘，男女混杂，风俗所关，尤应严禁。仰苏州布政司，会同按察司，速饬查明，妥议详夺。时常熟县知县敬华南奉谕即赴山顶，就地考察，认为庙归僧管，实为便益。即令藏海寺僧人寿庵对真武庙及其他六庙取结收管，并将旧有住庙之人悉行驱逐，勿许再行占据滋事。（此事由知县敬华南主碑记载，此碑至今尚存）。
从此以后，祖师庙一直由藏海寺僧人管理，延续至今。九一年市政府批复重建，为尊重历史，故依然在藏海寺内修建真武殿。
以上这段历史证实：一、真武庙是严氏家庙从来不是道观，也没有道士在庙内管理。二、真武庙归藏海寺僧人管理是由严氏族人要求，并经当时抚院、府、县各级政府批准及具体监督执行，因此不存在佛教侵占道教庙产之说。